Naruto: Shippuden là bộ anime nối tiếp với bộ anime Naruto phần đầu, tương ứng từ tập 28 trong Manga Naruto trở đi.Naruto phần hai tiếp tục câu chuyện về cậu bé Naruto sau 3 năm tu luyện cùng Jiraiya nay đã trở về làng. Cậu và những người bạn lại tiếp tục lên đường làm nhiệm vụ, đồng thời cũng tìm cách để đưa Sasuke trở về. Madara hồi sinh, cùng với kế hoạch Nguyệt Nhãn quyết nhấn chìm thế giới vào ảo mộng. Đại chiến shinobi lần thứ tư nổ ra.